泌尿系統結石的治療，主要根據結石的位置、大小和成分決定。對於比較小的泌尿系統結石，例如＜0.6cm的結石，可以通過多飲水、多排尿，以及藥物治療將結石排出體外。如果結石較大，>0.6cm且已經形成泌尿系統梗阻，墜入輸尿管，形成腎臟積水,則可以通過體外碎石及體內碎石的技術，將結石爆破，形成小的結石團塊，再排出體外。

尿液過度濃縮後，會在腎臟形成尿液結晶、結石團塊，如果是尿酸、胱氨酸等結石，可以使用鹼化尿液的方式將結石溶掉，然後排出體外。如果結石較硬，特別是鈣鹽性結石，可以通過體外震波碎石的技術，以及體內輸尿管鏡、輸尿管軟鏡、經皮腎鏡碎石的辦法，將結石顯露。然後用激光等方式將結石打碎，打碎的小結石通過水衝的作用可以排出體外。另外部分輔助用藥，包括中藥製劑，均有利於結石的溶石和排石。