臨床中除體外碎石，常用的三種結石微創手術設備包括輸尿管硬鏡、輸尿管軟鏡、經皮腎鏡。如選用硬鏡方式，手術時間則取決於結石部位，下段結石手術時間非常短，在15分鐘以內，不會超過30分鐘；而對於複雜輸尿管結石，比如存在息肉、狹窄、炎症粘連、包裹，手術時間相對延長。

並非所有的結石手術都很快，軟鏡手術如果順利，處理單發的、1.5cm以內的小結石，結石負荷量較小，可在半小時左右完成手術。如果為複雜、多髮結石且合併有輸尿管本身狹窄，輸尿管開口尋找非常困難，無論是硬鏡還是軟鏡均需較長時間。

手術時間還與術中出血有關，特別是進行經皮腎鏡手術時，穿刺部位剛好臨近血管出血，需換角度或換通道再去建立通道，其次術中出血易影響視野，造成視野不清，需要反覆調整角度或器械完成手術，手術時間便相對延長。