血液濾過的併發症與血液透析類似，包括低血壓、噁心、嘔吐、發燒、血栓栓塞、空氣栓塞以及過敏反應肌肉痙攣等。除上述併發症以外，由於血液濾過具有置換液，因此，可能出現置換液被汙染，導致嚴重的溶血反應和敗血症等併發症。還需要注意的是，由於血濾器孔徑較大，因此可能造成部分氨基酸和蛋白質的丟失，血液濾過以後需要補充部分蛋白質。