尿道結石根據大小和位置進行選擇治療方法，如果是在尿道前端3-4cm的結石，注射足夠麻醉凝膠以及用潤滑劑之後，可以用血管鉗夾取結石，這種方法最為簡單、方便。

對於深部位的尿道結石，血管鉗無法伸入，在充分麻醉和潤滑情況下，用尿道探子將結石往後推，推到膀胱裡面，在硬膜外麻醉或者全麻狀況下伸入膀胱鏡，可以用大力碎石鉗、激光、衝擊波碎石等方法粉碎結石，有較好的治療效果。另外，如果是男性患者可以用α受體阻滯劑擴張膀胱頸、前列腺部尿道，容易讓結石更快排出。