經皮腎鏡取石術隨著技術的不斷進步，併發症越來越少，但是不管技術再高，準備情況做得再好，可能也會出現併發症。若出現大的併發症，如感染性休克沒有及時控制，可能帶來死亡危險，術後腎出血沒有及時控制，或者出血量比較大，手術過程中傷到了腎動脈、下腔靜脈，可能需行腎切除。

如果傷到腸管，還要做腸切除、腸吻合。若出現比較大的併發症，會給患者帶來後遺症，但在B超技術應用成熟、X線技術支持下，出現概率很低，一旦出現，對患者影響比較大。