睪丸炎藥物的一線用藥為抗生素用藥，較常見的如頭孢類藥物、左氧氟沙星類藥物，或四環素類藥物，對睪丸炎均有較好的幫助和治療作用。同時還可加用有消炎、去火、除溼、利尿的作用的中成藥，如銀花泌炎靈、寧泌泰、熱淋清等藥物，對睪丸炎的恢復亦有幫助。

若睪丸炎發生較嚴重的疼痛，可服用非甾體類消炎藥，或非甾體類的止痛藥，如醋氯芬酸鈉類藥物。若為尿路感染導致的睪丸炎，應做細菌培養和藥敏試驗，再根據藥敏結果用藥，通常效果較好，且對於疾病的康復較有必要。若為無菌性的睪丸炎，可服用邁之靈或消脫止-M，幫助減輕局部水腫和炎症。