睪丸囊腫是良性疾病，大多數所謂的睪丸囊腫實際上是附睪囊腫，附睪管因為發育引流不暢形成盲端，屬於良性，所有囊腫基本上都是良性病變，良性病變如果沒有臨床任何表現，不用處理。

如果囊腫不斷增大超過2㎝，有時候可能出現壓迫症狀造成不適，可以進行手術。如果囊腫反覆感染造成疼痛，反覆縮小增大，這種情況需要手術。

對於睪丸囊腫，大多數單純性囊腫都是良性病變，不需要特殊處理有些囊腫是惡性，需要進行手術治療，在切緣進行觀察，送病理進行檢查。