輸尿管軟鏡碎石術後疼痛常見病因和治療方式如下：

1、腰部疼痛：包括輸尿管走行區疼痛，由術中擴張輸尿管、進行激光操作引起，可口服嗎啡或非甾體抗炎藥物緩解；

2、膀胱區疼痛：亦稱膀胱痙攣，疼痛伴隨膀胱刺激症，由留置輸尿管支架管引起，可採取口服M受體拮抗劑、減少活動量、多飲水、多排尿等方式緩解，最終解決方法是拔出輸尿管支架管。