輸尿管結石碎石治療不會產生疼痛，無論是採用體外衝擊波碎石，還是採用輸尿管鏡的微創手術治療，都不會產生疼痛感。體外衝擊波碎石，不需要開刀，只是依靠衝擊波的能量進行碎石。碎石的過程中，患者僅僅會覺得有腰腹部的陣痛感，不會產生有痛覺。

碎石完畢後，患者無需住院，可以自行回家排石治療。如果使用輸尿管鏡下微創手術碎石治療，也不會產生任何的疼痛。因為手術過程中，患者處在麻醉的狀態，不會有任何的知覺。在手術完畢以後，可有一定的輕微疼痛感，疼痛感並非是碎石所帶來的。因為手術後體內留置輸尿管支架管，留置一根導尿管，是管道刺激所引起輕微的腰腹部疼痛的症狀。疼痛於手術後72小時內很快即可緩解，不需要任何的止痛治療。