房間隔缺損的臨床表現分3個期來講，嬰兒期、兒童期和成年期。嬰兒期的房間隔缺損大多無症狀，由常規的體格檢查聞及心臟病理性雜音而發現此病；

兒童期可表現為乏力、活動後氣促，大分流量病例可引體循環血量不足而影響發育，患兒體格較小、消瘦、乏力、多汗和活動後氣促，並因肺循環充血而易患支氣管炎或肺炎，當哭鬧患肺炎或心力衰竭時，右心房壓力可超過左心房，出現暫時性右向左分流而呈現青紫；在成年期可能發生心力衰竭和持續的發紺。