靜脈血栓栓塞症一旦發生，後果嚴重，治療主要目的是減少肺動脈栓塞、預防血栓後綜合徵和慢性血栓栓塞性肺動脈高壓、預防深靜脈血栓和肺動脈栓塞復發。
　　靜脈血栓包括深靜脈血栓和淺靜脈血栓。兩者治療方法各有不同。淺靜脈血栓容易導致血栓性靜脈炎，可以進行保守治療，比如說口服促進循環的藥物。外用靜脈炎的藥物，比如喜遼妥、芒硝溶液、三黃洗劑等，能夠促進血液循環，促進血栓的吸收。藥物無效者可以用手術的方式切除有淺靜脈血栓的血管。
　　深靜脈血栓可以藥物治療，包括抗凝藥物、溶栓藥物和對症用藥。抗凝為基礎治療，無論深靜脈血栓處於哪一階段，抗凝治療均非常重要；抗凝藥包括肝素、低分子肝素、華法林和新型抗凝藥物等。若深靜脈血栓的量較大，或已累及髂靜脈或下腔靜脈，需行溶栓處理；溶栓藥物包括尿激酶、纖溶酶、組織型纖溶酶原活化劑（t-PA）等；如果出現嚴重疼痛和腫脹，可給予靜脈活性藥物進行治療。如藥物治療無效，可採用手術或介入治療。同時需注意臥床休息，減少活動；同時抬高患肢，使得患肢高於心臟平面，改善靜脈迴流，減輕水腫和疼痛。
　　淺靜脈血栓如果不及時治療，可能進一步發展成深靜脈血栓，導致肺動脈栓塞等嚴重情況。如發現淺靜脈血栓造成的血栓性靜脈炎一定要早診早治。