直腸癌保肛手術後遺症，嚴格來說不能稱之為後遺症，從表述上稱術後併發症可能要相對比較合適。如果術後出現肛門墜脹或頻繁產生便意，這個可能與超低位保肛病人，吻合口距離肛門較近，術後出現肛門刺激性症狀，患者會頻繁想大便，多數病人術後1-6個月會緩解。

第二個常見的併發症是肛門狹窄，即術後大便困難症狀，這是肛門吻合口出現瘢痕性狹窄，從而導致患者術後排便功能障礙。