肛瘻手術不是一定必須切除瘻管，因為肛瘻的手術方法有很多，只有肛瘻切除術才要求在手術中將瘻管全部切除。而其他肛瘻手術方式就不一定要將瘻管全部切除，例如臨床常常採用的肛瘻切開術，就只需要將瘻管切開就可以，切開後讓瘻管裡面的腐肉組織慢慢脫落，然後正常組織再慢慢生長，這種情況不需要切除瘻管。

對於高位肛瘻而言，也無法全部切除瘻管，因為如果全部切除瘻管有可能造成肛門失禁，對於高位肛瘻而言，採取的方法是低位瘻管切開，而高位瘻管需要掛線，因此在肛瘻手術過程中並不是一定要切除瘻管，是根據不同的手術方式進行決定。