低位肛瘻包括複雜性和單純性，手術方式主要是切開或切除，具體如下：

1、低位單純性肛瘻：從外口插入探針沿著瘻管找到內口，沿探針切開，瘻管裡面的壞死組織用刮尺，內口裡的肛竇感染可用電刀切除；

2、複雜性低位肛瘻：有多條瘻管，每條瘻管均可以做切除處理，也可以選擇掛線治療，從外口插入探針，從內扣出來，用探針引進橡皮筋，把外段部分瘻管切斷，切口到內口括約肌部位，用橡皮勒緊，可以使結紮線組織缺血，最終脫落，但疼痛感比切開嚴重。