肛瘻初期有肛周膿腫的表現，肛周的紅、腫、熱、痛，肛周出現腫痛，或有局部的紅腫，紅腫疼痛難以忍受，腫物可能會自行破潰、流膿。可使用拔毒類的軟膏，如魚石脂軟膏經常塗抹，會蓄積膿液，拔毒外出。

這個時候的外口和皮膚破潰以後的潰口一樣，是很小的破潰，隨著時間的延長，會變成堅硬質韌的硬結。肛瘻初期的外口就像皮膚黏膜破損，是很淺的口，5-7天以後外口很可能自行閉合，但是下次膿腫急性期，膿腫再次流出會反覆刺激潰口，變成摸起來比較硬韌的外口。