肛瘻屬於肛周的感染性疾病，需要選擇手術治療。單純的表淺性肛瘻，可以選擇瘻管切開、切除以及縫合。高位複雜性的肛瘻需要進行切開以及掛線療法，手術以後也可以表現為肛周潮溼、有分泌物，以及肛門有液體流出，可能是經內口流出，需要進一步探查。

肛瘻容易反覆發作不愈，在手術以後也容易出現復發。術中確切探查內口，術後需要進行間斷的換藥，每次換藥也要充分暴露內口，局部分泌物也能逐漸減少，每次換藥時要徹底的消毒、清創，術後的急性期也應該配合抗感染治療，可以堅持用溫鹽水進行局部的燻洗、坐浴。