高位肛瘻的內口位於外括約肌深部以上，由於位置比較高，治療起來比較棘手，稍不注意往往容易造成括約肌深部損傷，導致大便失禁，所以治療起來要相當謹慎。常用的手術如下：

1、肛瘻切開術：即從外口切到內口，然後把創面敞開，每日換藥；

2、肛瘻切除術：肛瘻切除術是把肛瘻切開以後，把管壁尤其是纖維化的管道給它清理乾淨，然後慢慢換藥生長；

3、肛瘻掛線術：肛瘻掛線就是切到外括約肌深部以後，外括約肌深部掛一個橡皮筋，通過橡皮筋慢性切割作用把括約肌切斷，隨著慢慢換藥一邊切一邊生長，不會導致大便失禁；

4、肛瘻切除縫合術：失敗率往往比較高，因為肛瘻屬於汙染切口，所以縫合很難完全一期癒合；

5、瘻管清創加纖維蛋白膠注射、肛瘻栓填塞術：肛瘻栓填塞術是一種生物製劑，塞入肛瘻以後慢慢生長，蛋白質跟人的組織完全融合在一起，可以減少創面癒合時間；

6、括約肌間瘻管結紮術：又稱為LIFT手術，是一種微創的治療辦法；

7、括約肌間瘻管結紮加肛瘻栓填塞術；

8、視頻輔助肛瘻治療術：也稱為VAAFT手術。