肛瘻的手術之前需要清腸，在手術當天的早晨4-5點鐘，會給患者進行清潔灌腸，開幾個開塞露或輝力促進排洩大便的藥物，讓患者把大便排乾淨。好處是可以防止在手術過程中，大便從上段排下來影響手術，會汙染手術。

有的醫院做完內肛瘻手術需要禁食一天，如果清腸之後，一天患者就不會有很強烈的排便感覺。如果不清腸，大便有可能從上面推進下來，會有強烈的排便感，會刺激傷口、汙染傷口，排便感沒法抑制。