高位複雜性肛瘻的手術時間要根據患者病情、手術複雜程度不同而有一定的區別。如果是簡單的高位複雜性肛瘻，手術時間約需30分鐘，麻醉時間約需20分鐘。

但若為複雜性肛瘻，特別是高位馬蹄形或者盲端較深，可以到達骨盆直腸窩，長度可能超過10cm，最後需將直腸壁需切除掉，繼而對直腸壁進行修補，手術時間約需要1個小時。