肛瘻微創手術的方法如下：

1、肛瘻栓：即使用豬小腸上皮製成的栓劑縫合內口，可完整保護括約肌，但費用較為昂貴，術後複發率較高，成功率約為46%，目前應用範圍較小；

2、蛋白粘堵：通過蛋白膠粘堵瘻管存在一定的難度，成功率相對較低，目前仍處於研究階段；

3、經括約肌間瘻管結紮術：廣泛應用於歐美國家，國內也有一定範圍的應用，存在復發的可能性；

4、黏膜瓣推移：嬰幼兒肛瘻患者進行該項治療，可保留括約肌；

5、其他方法：如鐳射激光切除管道、肛瘻鏡等。