明確肛瘻的類型在臨床上對於治療肛瘻有重要的意義，根據不同的程度、不同的類型對肛瘻進行對症的治療。肛瘻的分類有以下幾種：

1、低位單純性肛瘻：只有1條瘻管通過外括約肌深層以下，1個外口，1個內口，內口在齒狀線肛竇附近；

2、低位複雜性肛瘻：有2個以上內口或外口或瘻管，瘻管穿行在外括約肌深層以下；

3、高位單純性肛瘻：僅有1條瘻管，瘻管穿過外括約肌深層以上，1個外口，1個內口，內口位於肛竇部位；

4、高位複雜性肛瘻：有2個以上外口、內口或瘻管，通過外括約肌深層以上。