肛瘻的治療首要的方式是手術，肛瘻的複發率之所以有一點點高，是因為絕大多數患者治療肛瘻的時機都比較晚，肛瘻治療最重要的就是早期發現、早期診斷、早期手術治療，初次手術是最關鍵的，這也是決定了肛瘻的複發率高低的根本。

初診醫師如果能夠明確診斷，找準肛瘻的內口，在手術當中及時準確的處理內口，肛瘻的成功率很高。如果第一次手術沒找準內口，後期的複發率就會比較高，再次手術，甚至三次、四次手術的幾率都會比較大，所以首次手術是最重要的。