高位複雜性肛瘻成因很多，具體情況如下：

1、肛周膿腫遷延不愈，反覆發作而引起。引起肛周膿腫原因包括用力排便，糞便通過肛竇進入腸道中引起局部感染，發展成膿腫，遷延不愈最後形成肛瘻；

2、肛門周圍炎症，如直腸炎、潰瘍性直腸炎等刺激所引起。肛瘻為肛周膿腫後遺症，肛周膿腫為肛瘻急性期，兩者相輔相成、互相關聯。