卵巢囊腫和多囊首先是形態上的區別，囊腫常常是單個囊腫，而多囊是指雙側卵巢有12個以上的卵泡，並且每個卵泡都不會發育成熟，兩種都是病理狀態。卵巢囊腫建議可以做手術治療，而多囊卵巢絕大部分不用做手術治療。

如果雄性激素高，可以給予降雄性激素治療。兩者在臨床上引起的症狀也不相同，絕大部分卵巢囊腫沒有任何症狀，除非卵巢囊腫非常大，可以在下腹部摸到包塊或者引起月經不正常。多囊卵巢主要會引起體重增加，月經週期延長或者停經，還有多毛現象。