在臨床上有一部分卵巢囊腫可以自行消失。在生育年齡的卵巢囊腫，如果直徑＜5cm，沒有症狀，可以密切觀察，因為70%的囊腫可以自行消退。生理性的囊腫，特點是單側壁薄，而且患者沒有下腹痛等不適症狀，一般2-3個月囊腫會自行消失。

囊腫直徑如果＜4cm，自然消退率達到82.6%，囊腫直徑在4-6cm，自然消退率為63.4%，囊腫直徑在6-8cm，自然消退率會低一些，在28.6%。如果卵巢囊腫直徑＞5cm，並且持續性地長大，要考慮卵巢腫瘤的可能性，應該考慮手術治療。卵巢囊腫完全消退的時間可能長達3個月。如果做彩色B超發現卵巢囊腫需要觀察，一般在下次月經乾淨的第3-5天覆查B超。發現囊腫先不要擔心，複查彩超之後根據囊腫的變化，決定下一步的治療方案。