做過卵巢囊腫手術不會影響懷孕，如果生育年齡的女性卵巢局部有囊腫需要手術，絕大部分往往是單純的將囊腫剔除，保留卵巢組織，卵巢組織在術後恢復正常的功能，可以有正常的卵泡生長發育，所以不會影響懷孕，這類病人在術後一定要定期複查。

如果是卵巢巧克力囊腫，有可能會影響懷孕，因為卵巢巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，在手術之後也有可能會復發，這類病人最好是在術後可以用注射用醋酸曲普瑞林治療半年的時間，預防復發，也建議在術後儘快考慮懷孕，不然一旦復發就會造成不孕不育。