卵巢囊腫可為單側、雙側，但無論發生於左側還是右側，基本處理原則相同。卵巢囊腫分為生理性囊腫和病理性囊腫，如濾泡囊腫、黃體囊腫、巧克力囊腫，前兩者稱為功能性卵巢囊腫，是臨床較常見類型。而病理性囊腫可以理解為確實出現腫瘤，往往需要治療。

　　功能性卵巢囊腫是女性在月經週期中卵巢的週期性變化中形成的囊性結構，往往出現在排卵期間或排卵後。當正常卵巢卵子發育成熟，形成濾泡囊腫；排卵後形成黃體，增大時形成黃體囊腫。這類功能性卵巢囊腫，多數都無明顯症狀和體徵，往往婦科超聲發現，且體積較小，大多不超過5cm。這類囊腫通常對人體是無害的，一般無需治療可隨月經自行消失，只需定期複查（約1-2月後複查婦科超聲評估囊腫大小及形狀是否發生改變）。

　　當囊腫較大，不隨月經消失，則應當考慮是病理性囊腫，則需要手術治療，因為卵巢病理性囊腫有一定的惡變幾率。可擇期行腹腔鏡下卵巢囊腫切除術，術中儘量完整剝離囊壁，儘可能減少對正常卵巢組織的損害；如囊腫發生扭轉、破裂，可出現突發劇烈腹痛、內出血或休克症狀，應立即送醫行緊急手術，對於年老、無生育要求者，必要時可給予腹腔鏡下卵巢切除術。

　　此外，有一類特殊的囊腫俗稱巧克力囊腫，簡稱巧囊，醫學上稱為子宮內膜異位囊腫，是種植於卵巢的子宮內膜樣組織隨月經發生週期性增生、脫落，經血累積膨脹形成囊腫。因囊腫內為暗紅色的陳舊經血，狀如熱巧克力，故而得名。這類囊腫比較常見，患者可有經期疼痛，也可沒有任何症狀，通過體檢超聲發現，由於這類囊腫會導致不孕、粘連、侵蝕卵巢甚至周圍臟器，也容易惡變，因此主張手術治療，如腹腔鏡下巧囊切除術，但即使切除仍容易復發，尤其年輕人復發概率更高，術後還應繼續藥物治療。