自然狀態下，即非人為目的造成的流產稱為自然流產，發生在12周以前的流產為早期流產，妊娠12周至不足28周的流產定義為晚期流產。導致自然流產的原因有很多：

一、不健康的生活方式，如酗酒、過量飲用咖啡因以及環境因素等都可能導致流產。

二、遺傳因素，染色體異常，包括夫妻染色體異常和胚胎染色體異常。常見的夫婦染色體異常為平衡易位、羅伯遜易位等。

三、母體內分泌失調，表現為黃體功能不全、多囊卵巢綜合徵、高泌乳素血癥、甲狀腺疾病以及糖尿病都有可能成為自然流產的原因。

四、母體生殖道的異常。主要包括子宮畸形，如單角子宮、雙角子宮、雙子宮及子宮縱隔等。人流術後綜合徵，宮腔粘連、宮腔體積縮小、宮頸機能不全引起晚期流產和早產是導致妊娠中期流產的主要原因。另外，子宮肌瘤黏膜下肌瘤及大於5釐米的肌腱肌瘤與流產有關。

五、母親全身性疾病，如嚴重感染、高熱疾病、嚴重貧血或心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝腎疾病或高血壓等均可能導致流產。TORCH感染雖然對孕婦影響不大，但可感染胎兒導致流產。