同房後第二天小腹疼痛的常見原因如下：

1、子宮內膜異位症：女性患有盆腔子宮內膜異位症，是常見引起性交後疼痛的原因。盆腔子宮內膜異位症，在生育年齡女性較為常見，指子宮內膜異位病灶種植在雙側輸卵管、卵巢、盆腔腹膜、子宮骶骨韌帶、直腸前壁等部位。在同房後，由於同房時導致盆腔充血狀態，引起子宮內膜異位病灶充血水腫，從而壓迫臨近神經引起疼痛症狀，尤其表現為下腹部疼痛、腰骶部疼痛或肛門墜脹感。子宮內膜異位病灶會種植在各個部位引起不同症狀，可通過婦科雙合診或三合診檢查，並結合婦科超聲檢查進行全面評估；

2、盆腔慢性炎症：引起同房後腹痛症狀，還有可能與盆腔慢性炎症有關。女性在患有急性盆腔炎未得到及時徹底治療情況下，導致炎症遷延不愈，繼而引起慢性盆腔疼痛。尤其在同房之後盆腔充血狀態，導致慢性盆腔炎症出現有局部下腹部疼痛的症狀，可通過全面婦科檢查、雙合診檢查進行診斷。