羊水穿刺最晚在懷孕20周左右做，如果超過20周進行，羊水量就會減少、胎兒明顯增大，在這個時候穿刺容易刺傷胎兒，容易增加穿刺的風險。正常情況下羊水穿刺的時間在16-20週期間，這時羊水量比較多並且胎兒發育比較小，胎兒漂浮在羊水中周圍有很多羊水保護，穿刺時不會刺傷胎兒，由於羊水量充足，抽取少量羊水時不會引起子宮收縮，不會使子宮突然變小，如果子宮突然變小，會誘發宮縮引起流產現象。

在懷孕16-20周通過羊水檢查，可以進行染色體檢查，有利於遺傳病的診斷，還可以進行DNA基因診斷，這時檢查結果相對準確，可以確定胎兒發育是否正常。