人乳頭瘤39型陽性即HPV39型陽性，僅說明體內存在HPV39型感染，還不能判斷是否存在疾病。由於HPV病毒感染可能會引起宮頸上皮內瘤病變及宮頸癌的發生，故應先進行宮頸液基細胞學檢查，根據不同結果再進一步判斷。

HPV有較多種基因型，不同基因型的HPV感染可導致不同臨床病變，高危型別的HPV持續感染是促進宮頸癌發生的主要因素，而39型屬於高危型。如果發現HPV39型陽性，需要排除是否患有宮頸上皮內瘤病變，或者宮頸癌。因此，應先進行宮頸液基細胞學檢查，若液基細胞學檢查異常，需進一步做陰道鏡活檢，根據病理組織學檢查確定。若液基細胞學檢查正常，僅是HPV39型陽性，臨床認為並不是疾病，僅是病毒感染的一種狀態。

由於HPV病毒廣泛存在於自然界中，主要通過性傳播，多數女性感染過HPV病毒，尤其是在性活躍期的女性，HPV感染率更高，但大部分女性的HPV感染期比較短，呈一過性陽性的狀態。一般8-10個月便可自行消失，可被機體自動清除，並不影響身體健康。因此，僅HPV39陽性並不一定是疾病。