功能性下丘腦閉經的治療，要根據患者是否有生育要求來制定治療方案。

如果患者有生育要求先通過服用激素，建議正常的月經週期，再服用促排的藥物促進卵子的排出。常用的激素類的藥物有：黃體酮、避孕藥等，常用的促排藥物有：氯米芬、尿促性素、溴隱亭等。如果沒有生育要求，單純的服用激素類的藥物，建議正常的月經週期即可。

患有功能性下丘腦閉經的患者，往往會伴有不同程度的心理障礙，心理障礙嚴重者需要配合進行心理治療。功能性下丘腦閉經是閉經中比較嚴重的一種，但是按醫囑規範的進行治療，其預後還是往往比較好的，多數患者治療後可以成功受孕。