兩性畸形原因較多見，最常見染色體、基因異常，造成最終患兒生出後出現兩性畸形的狀態，具體如下：

1、基因突變：兩性畸形患者中60%可查出存在基因異常，而基因異常可能遺傳自父親、母親。也可能在在精子卵子相結合成受精卵後發生一些基因突變，或者精子和卵子受精前就已經發生基因突變，最終導致胎兒基因問題；

2、染色體異常：也是在精子、卵子結合前或結合後產生染色體變異，嵌合體也屬於染色體異常，可能在同一個體中出現兩種或兩種以上的染色體狀態，最終也會導致兩性畸形，即需從遺傳學角度找原因；

3、基因或染色體都不能找到明確原因，但在母體懷孕期間胎兒接觸不良環境造成，包括懷孕早期使用保胎藥物，或接觸到塑化劑也就是塑料製品，或者受到射線，或者母體自身疾病造成激素改變；

4、部分兩性畸形可能無法找到明確原因，單純表現為兩性畸形的外觀。