兩性畸形手術後能否生育無法一概而論。兩性畸形往往除外觀異常外，可能有染色體、性腺或外生殖器異常。性別分男和女，當染色體、性腺和外生殖器相符合，或最終通過手術相符合時，患兒才會有生育功能。例如男孩子染色體為46XY，有睪丸、陰莖外觀，以後才能談生育問題。女孩染色體為46XX，有子宮和卵巢，且有女性外觀陰道後，才能有生育功能。

當然除了染色體、性腺和生殖器相符後，還需要其它附屬器官的功能正常。例如男孩睪丸需要良好的生精功能，可以產生精子，並且精子要通過輸尿管排出體外，輸精管功能良好，才能有正常的射精，並且最終有生育功能。女孩同樣需有良好的卵巢功能可以排卵，並且有發育相對較好的子宮，後期可以受孕，也是最終能生育的基本條件。當然可能患兒在未來通過生殖技術發展，也可彌補結構上的畸形造成的不良因素。雖然結構上異常，也可能通過生殖技術發展有生育潛力。