尿道上裂的症狀主要表現為尿道開口在陰莖背側，根據尿道上裂程度不同，排尿位置可能在陰莖背側，可能在近端，也可能在遠端。患者嚴重時會伴有恥骨聯合缺損，導致骨盆的前半部分缺失，從而導致膀胱上壁缺損，患者存在控尿困難。一些較輕患者可能能夠自己控制排尿，但陰莖頭是分裂開的狀態，陰莖表現為扁平狀態，其他還可能伴有陰莖的短小和陰莖彎曲等症狀。