尿道上裂治療主要是根據其嚴重程度，對於伴有膀胱外翻，一般建議在幼兒期進行修復，使患者膀胱能夠正常發育。對於後期的膀胱外翻，可能會導致嚴重的泌尿系統感染和一些危及患者生命的症狀，早期治療較為必要。對於單純的尿道開口在陰莖背側，需要手術將背側開口的尿道合併，使尿道開口在陰莖遠端，同時也可做陰莖的彎曲矯正手術。若患者後期存在控尿困難，輕度可進行尿道括約肌重建，重度則需進行膀胱頸的成形治療。