尿道下裂手術後恢復時間與程度輕重有關，如果程度輕，不需要做尿道，只需矯正尿道口外觀，通常1-2周即可恢復。如果要重建尿道，與尿道類型有關，如果用自然尿道板，通常2周左右尿管拔掉後即可恢復。部分患者需要用皮膚，或者用口腔黏膜代尿道，尿管放置時間較長，且恢復時間比較長，通常需要1個月甚至更長時間。

此外，部分患者出現尿道狹窄時，留管時間更長，則恢復時間也比較長，具體時間與病情程度以及個體差異有關。部分患者雖病情重，但恢復好、時間短。而部分患者程度非常重，甚至出生時為女性尿道形態，經過檢查明確為男性，手術次數較多，時間跨度較大，可能需要2-3年甚至更長時間，通過手術把外形徹底矯正為男性。