尿道下裂手術在小兒泌尿外科手術中屬於三級手術，除少數冠狀溝上方型尿道下裂無需手術以外，對於其他類型的尿道下裂都需要進行手術治療。尿道下裂手術屬於整形矯正手術，通常需要進行皮瓣處理，涉及到皮瓣血運和感染，如果術者經驗豐富、手術方案設計得當，則可較好地減少術後併發症。

此外，皮瓣壞死、新做的尿道漏尿、尿道狹窄可導致手術失敗，需二次或三次手術。總體而言，輕型尿道下裂手術成功率較高，可達90%以上，但重型尿道下裂手術的成功率只有70%，甚至需多次手術治療。