部分患者尿道下裂會有後遺症，常見後遺症包括術後出血、陰莖水腫、傷口裂開、傷口癒合不良、尿道狹窄、尿道瘻、尿道憩室、術後陰莖外觀欠佳等。尿道下裂術後後遺症較多是手術的難點，以至於全世界有300餘種尿道下裂的手術方式。

尿道下裂的後遺症與尿道下裂嚴重程度、患者就診年齡、手術情況和術後護理相關。而尿道下裂分型越重，出現併發症機會越多。如果患者年齡較大，由於皮膚條件較差，同時皮脂腺過度分泌，可能會增加併發症幾率。而患者就診年齡越小、分型越輕，出現併發症幾率越小。因此，建議尿道下裂的患者及早就診，最好在3歲前完成手術。