尿道下裂是否影響生育，主要根據尿道下裂程度以及是否合併其它系統發育問題判斷。因為尿道下裂可單一出現，也可以屬於嚴重疾病性別發育異常綜合徵的表現。

如果為單一尿道下裂，程度較輕，術後外觀基本與正常包皮環切術後外觀相同，可有正常功能。尿道下裂合併前列腺囊、雙側隱睪、睪丸發育不良或小陰莖狀態，激素分泌包括精子形成異常，可能影響生育。