尿道下裂現階段預防較為困難，因為尿道下裂屬於多因素、多基因遺傳疾病，可為單純尿道、陰莖缺陷，也可以為複雜性發育異常。病因較複雜，與胚胎學因素、基因遺傳因素、內分泌等因素相關。

尿道下裂發生率約3‰，重度尿道下裂發生率逐年上升，可能與塑料使用較多及環境中雌激素影響相關。女性孕期保胎、孩子早產以及出生體重低，均可能為尿道下裂相關危險因素。