尿道下裂術後可能出現疼痛感，因為手術時需將尿道海綿體遊離出來，將龜頭破開重建尿道，進行一定包紮。但隨現階段手術技術提高，解剖層次逐漸清晰，圍手術期部分麻醉藥物使用，可有效緩解術後疼痛。

如術後出現疼痛現象，疼痛程度多可接受，但需要外科手術醫生技巧高，麻醉醫生圍手術期麻醉、止痛藥物合理使用，包括父母心理安撫均存在密切相關性。