尿道下裂手術疼痛因人而異，大部分可能疼痛2天左右。大齡兒童陰莖較大，勃起張力較大、疼痛較明顯，嬰幼兒可無明顯疼痛。疼痛管理為尿道下裂治療環節中重要方面，通常2-3天后疼痛緩解，無需再次使用止痛藥物處理。疼痛敏感者，可請麻醉科進行疼痛會診。麻醉科會診後給予患兒應用鎮痛泵，通過靜脈注射持續用藥，患兒疼痛緩解比較明顯。