尿道下裂發生與遺傳有關，有20%-25%的臨床病例明確有家族遺傳性，可遺傳下一代。尿道下裂患者的兄弟患尿道下裂概率比正常人高10倍，同胞兄弟患病風險大概為12%，故尿道下裂表型越嚴重，親屬尿道下裂患病比例較高。

若有較嚴重的尿道下裂，比如陰莖陰囊型、會陰型、近端型，或陰莖彎曲較嚴重的下裂。在泌尿外科推薦父母與孩子一起進行遺傳基因篩查，確定孩子是否攜帶有尿道下裂相關遺傳基因變異，會明確解答該基因是否會傳至下一代。