尿道下裂發生病因較複雜，1970年國外學者對尿道下裂患兒進行細胞染色質分析，即遺傳物質分析，發現輕度的陰莖頭型和部分陰莖體型尿道下裂患兒，染色質基本正常。重度尿道下裂患兒存在部分染色質異常，即遺傳物質異常。

部分重度尿道下裂，即Ⅲ型或Ⅳ型尿道下裂患兒存在遺傳傾向，遺傳指隱性遺傳，即父親外生殖器正常，幼兒可能存在尿道下裂。建議生育過重型尿道下裂患兒的夫婦，生育前進行遺傳諮詢。