淋菌性尿道炎需4-6周療程才能徹底治癒，淋菌性尿道炎常導致尿道黏膜水腫糜爛，導致尿道黏膜出現水泡、膿皰，水泡、膿皰破裂後形成膿性分泌物，引起尿道刺癢、刺痛，以及尿道口膿性分泌物。

出現淋菌性尿道炎，如未及時治療，易發生逆行感染，引起前列腺炎，病人可出現會陰部灼熱、墜脹不適以及疼痛症狀，部分病人出現坐臥困難。由於久坐時出現會陰部疼痛，一般無法取坐位，嚴重時可引起淋菌性腎盂腎炎。當淋球菌引起泌尿生殖道感染時，易導致精液不液化。對於淋菌性尿道炎，可做淋菌性尿道炎藥敏試驗，通過分泌物培養找到敏感的抗生素，選擇有效抗生素對症治療4-6周，多數淋球菌尿道炎可徹底好轉。