先天性腸閉鎖是一種先天性消化道畸形，其發生原因目前尚未完全清楚，主要有三種假說：

1、腸管空泡化學說：這種學說認為在胎兒腸管發育過程中，由於腸管上皮細胞累積，腸管暫時性堵塞，隨著胚胎的發育，堵塞的腸管內出現空泡，空泡不斷擴大、融合，腸管再次通暢，如果空泡化的過程出現停頓，患兒就會出現腸管的堵塞，導致腸閉鎖；

2、血管學說：這種學說認為在胎兒發育過程中，某一段腸管血液的供應發生問題，比如先天性血管畸形、先天性腸套疊或腸扭轉，引起部分腸管缺血、壞死、斷裂，甚至缺如，從而導致腸閉鎖；

3、炎症學說：這種學說認為胎兒發育過程中，部分腸管發生炎症，常見的炎症如胎兒期闌尾炎穿孔、胎兒期壞死性腸炎等，引起腸管壞死，導致腸道閉鎖。