對於腎結核如果發現比較及時，可以通過藥物治療治癒。但如果發現相對較晚，單純進行藥物治療不能達到治癒目的，此時還可通過手術治療。發現腎結核後應採用藥物治療，常用四聯方案至少治療2個月，再改成兩聯方案繼續治療4個月，即半年的治療週期。四聯用藥包括異煙肼、利福平、乙胺丁醇以及吡嗪酰胺治療2個月，之後再繼續口服異煙肼及利福平再繼續治療4個月。

如果患者腎內的結核灶經藥物治療後已經癒合，可以認為達到臨床治癒，只需要定期複查即可。若患者腎內仍存有結核病灶，仍表現為空洞，單純的藥物治療不能達到治癒，通常需要進行手術將壞腎整體切除，從而達到治癒的目的。