腎結核最常見的症狀是頑固性膀胱炎，即反覆性尿頻、尿急、尿痛，在臨床上稱之為病變在腎臟，但臨床表現在膀胱炎。在患者發生反覆尿頻、尿急、尿痛後，臨床醫生需考慮到是否可能存在腎結核，會給患者做結核菌培養以及結核菌素試驗。如果呈現結核菌素皮試陽性，再結合做結核菌培養和PCR(結核桿菌基因檢測)等方法，明確是結核菌陽性，基本可以肯定是腎結核的診斷。

由於腎結核主要是結核菌經血液途徑進入腎臟，所以在腎臟表面會形成特徵性的腎結核鈣化，重症患者可能引發腎積水，有極少數病人可能因嚴重腎積水導致腰痛或發生腎功能不全。腎結核的主要症狀還是頑固性膀胱炎，若發生上述症狀，一定要提高警惕，明確是否有腎結核的可能。