腎結核一般要通過尿的結核桿菌培養找到結核桿菌明確診斷，但是臨床方面也有不少的病例可能培養找不到結核桿菌，可以通過影像學檢查判斷，如靜脈腎盂造影以及CT、核磁、膀胱鏡檢查。

腎結核早期可能會破壞腎盂、腎盞，出現空洞、蟲蝕樣改變，都是腎結核很典型的表現。晚期的腎結核可能會出現腎自截，腎臟出現鈣化，症狀反而會減輕或者消失。所以腎結核的診斷先看臨床症狀，泌尿系統結核常見的臨床症狀是嚴重的尿頻、尿急、血尿、尿液比較渾濁，尿常規檢查白細胞增多以及尿液偏酸性。尿液塗片抗酸桿菌的檢查可能能夠找到抗酸桿菌，通常也是結核。

如果通過尿培養找不到結核桿菌，也可以進行影像學檢查，比如靜脈腎盂造影，瞭解泌尿系統的影像學改變。還可以結合CT、核磁或膀胱鏡檢查，也可以幫助判斷。因此腎結核的診斷首先要看臨床症狀，其次結合常規檢查，比如尿培養、影像學檢查，幫助確診結核。一旦確診，應該儘早治療，有時即便沒有明確找到結核桿菌，通過影像學檢查提示有結核的可能，也要儘早進行抗結核治療。